Abstrakt
Eines der wichtigsten Probleme in Bezug auf die Leistung von PCR-Verbrauchsmaterialien (Platten, Streifen und entsprechende Versiegelungsoptionen) ist ihre Kompatibilität mit mehreren auf dem Markt erhältlichen Cycler-Systemen. In dieser Application Note wurden Eppendorf PCR/qPCR Consumables auf Kompatibilität mit den wichtigsten Cycler-Marken durch einen Physical-Fit-Test mit den Cycler-Blöcken sowie durch exemplarische PCR- und qPCR-Assays für einige Instrumente getestet.
Einführung
PCR- und qPCR-Verbrauchsmaterialien unterscheiden sich in zahlreichen Parametern. Darunter spielen Materialeigenschaften und -qualität, Brunnen-/Schürzenabmessungen, Brunnendicke und Oberflächenbeschaffenheit die wichtigste Rolle. Diese Unterschiede führen zusammen mit verschiedenen Versiegelungsoptionen zu oft erheblichen Abweichungen beim Wechsel von einer Verbrauchsartikelmarke zu einer anderen und können die Gesamtleistung des PCR/qPCR-Assays beeinflussen. Daher ist es von großer Bedeutung festzustellen, ob ein bestimmtes Verbrauchsmaterial mit einer bestimmten PCR/qPCR-Plattform kompatibel ist. Hier präsentieren wir Ihnen einen Überblick über die Eppendorf twin.tec PCR Plates, Eppendorf PCR Tube Strips sowie Eppendorf Cap Strips und ihre Kompatibilität mit den wichtigsten derzeit auf dem Markt befindlichen Cycler-Marken.
Materialen und Methoden
Kompatibilität mit Standard-PCR- und qPCR-Geräten In den meisten Fällen wurde die Kompatibilität der Eppendorf PCR Consumables durch ihre Passung in den entsprechenden Cycler-Block in Kombination mit dem Verschluss des Cycler-Deckels bestimmt. Einige Systeme wurden auch auf ihre Leistungsfähigkeit in einem PCR- oder qPCR-Assay getestet.
Natürlich sind diese Experimente nicht repräsentativ. Daher wird es für jeden Anwender immer notwendig sein, die Verbrauchsmaterialien in seiner eigenen Anwendung zu testen. PCR-Assay: Amplifikation von gDNA (Promega) in einer PCR. Nach dem PCR-Assay wurden die Proben mittels Agarose-Gelelektrophorese (E-Gel, Invitrogen) aufgetrennt und dokumentiert.
Kompatibilität und Testleistung wurden anhand des Vorhandenseins und der Qualität von PCR-Produkten auf dem Gel bewertet (Daten nicht gezeigt).
for BioRad i-Serie, Stratagene Mx, ABI 3000 (excl. adapter) |
|||
A28242L | GeneOn | 5x25 pcs | 363.6 EUR |
ABI 3000, 7000; BioRad i-Serie, Stratagene Mx, Eppendorf Mastercycler |
|||
A28239L | GeneOn | 5x25 pcs | 372 EUR |
Stratagene Mx (incl. Perfect Fit Frames from Stratagene), Biorad CFX 96 |
|||
A28240L | GeneOn | 5x25 pcs | 346.8 EUR |
Sequencer; ABI 3000, 7000 7900HT; Stratagene Mx4000 and other |
|||
A20232L | GeneOn | 5x25 pcs | 372 EUR |
Xba I unit: 3000 |
|||
YRXBA1 | Yeastern Biotech | 1 vial | Ask for price |
Grant Centrifuge low speed benchtop 0-3000rpm code LMC-3000 |
|||
LMC-3000 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1857.06 EUR |
KS 3000 i control incubator shaker |
|||
SHA2590 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 6590.34 EUR |
Axiocam Erc5 Camera Adapter for V8, V12 and V20 Models |
|||
ZV-Erc5-Adapter | MiTeGen | 1 UNIT | 175 EUR |
Xba I -HC unit: 3000, High Concentration |
|||
YRXBA1-HC | Yeastern Biotech | 1 vial | Ask for price |
Aminobenzimidazole(ABI) |
|||
AG247 | Unibiotest | 1 mg | 627.6 EUR |
Aminobenzimidazole(ABI) |
|||
AT247 | Unibiotest | 1mg | 1641.6 EUR |
BioRad CFX96, Megabase 500/1000 |
|||
A28241L | GeneOn | 5x25 pcs | 363.6 EUR |
Human Drug Detoxication I |
|||
HDTX-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
Human Kinase Library I |
|||
HKIN-I | Real Time Primers | 1 set | 540 EUR |
NRicher™ Mx |
|||
SRPRO-10 | Biotech Support Group | 10 preps | 668.4 EUR |
NRicher™ Mx |
|||
SRPRO-50 | Biotech Support Group | 50 preps | 2775.6 EUR |
Abi 1 Antibody |
|||
ABF5158 | Lifescience Market | 100 ug | 525.6 EUR |
Abi 1 Antibody |
|||
AF5158 | Affbiotech | 200ul | 420 EUR |
ABI D2 Lamp |
|||
LMP2000 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 442.32 EUR |
Pepsin 1: 3000 |
|||
PB0411 | Bio Basic | 100g | 92.39 EUR |
Mouse Cytokine Primer Library I |
|||
MCA-I | Real Time Primers | 1 set | 540 EUR |
Human Cytokine Primer Library I |
|||
HCA-I | Real Time Primers | 1 set | 540 EUR |
Rat Cytokine Primer Library I |
|||
RCA-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
Mouse DNA Repair Primer Library I |
|||
MDRL-I | Real Time Primers | 1 set | 774 EUR |
Human Colon Cancer Primer Library I |
|||
HCCP-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
Human DNA Repair Primer Library I |
|||
HDRL-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
Human Drug Transporter I Primer Library |
|||
HDTP-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
Human Cancer Driver Gene I Primer Library |
|||
HCDG-I | Real Time Primers | 1 set | 774 EUR |
Human Interferon Type I Signaling Primer Library |
|||
HIFN-I | Real Time Primers | 1 set | 657.6 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC040525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC040525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC050525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC050525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCAP0525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCAP0525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCB0525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCB0525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCP0525-250 | Biotium | 250uL | 459.6 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCR0525-250 | Biotium | 250uL | 459.6 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC940525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC940525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCA0525-250 | Biotium | 250uL | 459.6 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC810525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC810525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNUB0525-100 | Biotium | 100uL | 250.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNUB0525-500 | Biotium | 500uL | 549.6 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCH0525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNCH0525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC880525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC880525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC680525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC680525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC470525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC470525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC400525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC400525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC430525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC430525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC550525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC550525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC610525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC610525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC800525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC800525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC700525-100 | Biotium | 100uL | 238.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNC700525-500 | Biotium | 500uL | 652.8 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
|||
BNUM0525-50 | Biotium | 50uL | 474 EUR |
Chicken MX ELISA KIT |
|||
ELI-44782c | Lifescience Market | 96 Tests | 1113.6 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
40538-100ul | SAB | 100ul | 302.4 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
40538-50ul | SAB | 50ul | 224.4 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
ABP50576-003ml | Abbkine | 0.03ml | 189.6 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
ABP50576-01ml | Abbkine | 0.1ml | 346.8 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
ABP50576-02ml | Abbkine | 0.2ml | 496.8 EUR |
Abi 1 Blocking Peptide |
|||
AF5158-BP | Affbiotech | 1mg | 234 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
ES1575-100ul | ELK Biotech | 100ul | 334.8 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
|||
ES1575-50ul | ELK Biotech | 50ul | 248.4 EUR |
Anti-Abi-1 antibody |
|||
STJ91430 | St John's Laboratory | 200 µl | 236.4 EUR |
RC31P1502 Ranger Counter 3000 |
|||
30031782 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 541.5 EUR |
Vivaspin Turbo 4 3000 |
|||
FIL8691 | Scientific Laboratory Supplies | PK25 | 274.74 EUR |
Vivaspin Turbo 4 3000 |
|||
FIL8692 | Scientific Laboratory Supplies | PK100 | 792.3 EUR |
AnD MX-50 Moisture Balance |
|||
MOI3000 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 2624.28 EUR |
QuECHERS AOAC QC SPIKE MX |
|||
QUECR-AOAC-QC | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 210.9 EUR |
Phospho-Abi 1 (Tyr213) Antibody |
|||
AF8358 | Affbiotech | 200ul | 540 EUR |
Abi-1 Polyclonal Conjugated Antibody |
|||
C40538 | SAB | 100ul | 476.4 EUR |
Balance Ranger 3000 R31P6 6kg |
|||
30031704 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 513 EUR |
Dionex Ultimate 3000 Tungsten Lamp |
|||
LT-DIO-105 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 319.2 EUR |
Vivaspin 6 3000 MWCO PES |
|||
FIL8676 | Scientific Laboratory Supplies | PK25 | 258.78 EUR |
Prefilled 2.0ml tubes |
|||
D1034-MX | Benchmark Scientific | 1 PC | 233.56 EUR |
Microtube Adapter |
|||
BT1500-A05 | Benchmark Scientific | 1 PC | 2682.78 EUR |
Microtube Adapter |
|||
BT1500-A1520 | Benchmark Scientific | 1 PC | 152.65 EUR |
Adapter pack |
|||
C1005-AC2 | Benchmark Scientific | 1 PC | 118.2 EUR |
Tube Adapter |
|||
C2000-A02 | Benchmark Scientific | 1 PC | 245.47 EUR |
Adapter pack |
|||
C3100-ADP | Benchmark Scientific | 1 PC | 197.02 EUR |
Adapter Xk50 |
|||
28989880 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 456 EUR |
Stacking Adapter |
|||
480158 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 206.34 EUR |
Adapter Syringe |
|||
DEN1010 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 47.54 EUR |
Flow Adapter |
|||
GAS1324 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 82.08 EUR |
Extension Adapter |
|||
EVA5034 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 43.32 EUR |
Monoclonal CD63 (Late Endosomes Marker)Mouse Monoclonal Antibody [Clone MX-49.129.5] , Clone: MX-49.129.5 |
|||
AMM00208G | Leading Biology | 0.5ml | 580.8 EUR |
96 Well ABI Fast Plate Pcr |
|||
PCR1200 | Scientific Laboratory Supplies | PK50 | 201.78 EUR |
qPCR-Assay: Für die Leistung des qPCR-Assays wurde ein Standardassay mit Lambda-DNA (Promega) und KAPA SYBR Fast qPCR Mastermix (KAPA Biosystems) verwendet. Drei unabhängige qPCR-Assays über sechs Konzentrationsprotokolle der Lambda-DNA-Matrize (101-106) und 3 Wiederholungen für jede Konzentration wurden durchgeführt. Die Kompatibilität wurde basierend auf den folgenden qPCR-Reaktionsparametern bewertet: Ct-Mittelwert, Ct-SD, CV, Schmelzkurvenanalyse (Daten nicht vorgestellt).