Abstrakt
Eines der wichtigsten Probleme in Bezug auf die Leistung von PCR-Verbrauchsmaterialien (Platten, Streifen und entsprechende Versiegelungsoptionen) ist ihre Kompatibilität mit mehreren auf dem Markt erhältlichen Cycler-Systemen. In dieser Application Note wurden Eppendorf PCR/qPCR Consumables auf Kompatibilität mit den wichtigsten Cycler-Marken durch einen Physical-Fit-Test mit den Cycler-Blöcken sowie durch exemplarische PCR- und qPCR-Assays für einige Instrumente getestet.
Einführung
PCR- und qPCR-Verbrauchsmaterialien unterscheiden sich in zahlreichen Parametern. Darunter spielen Materialeigenschaften und -qualität, Brunnen-/Schürzenabmessungen, Brunnendicke und Oberflächenbeschaffenheit die wichtigste Rolle. Diese Unterschiede führen zusammen mit verschiedenen Versiegelungsoptionen zu oft erheblichen Abweichungen beim Wechsel von einer Verbrauchsartikelmarke zu einer anderen und können die Gesamtleistung des PCR/qPCR-Assays beeinflussen. Daher ist es von großer Bedeutung festzustellen, ob ein bestimmtes Verbrauchsmaterial mit einer bestimmten PCR/qPCR-Plattform kompatibel ist. Hier präsentieren wir Ihnen einen Überblick über die Eppendorf twin.tec PCR Plates, Eppendorf PCR Tube Strips sowie Eppendorf Cap Strips und ihre Kompatibilität mit den wichtigsten derzeit auf dem Markt befindlichen Cycler-Marken.
Materialen und Methoden
Kompatibilität mit Standard-PCR- und qPCR-Geräten In den meisten Fällen wurde die Kompatibilität der Eppendorf PCR Consumables durch ihre Passung in den entsprechenden Cycler-Block in Kombination mit dem Verschluss des Cycler-Deckels bestimmt. Einige Systeme wurden auch auf ihre Leistungsfähigkeit in einem PCR- oder qPCR-Assay getestet.
Natürlich sind diese Experimente nicht repräsentativ. Daher wird es für jeden Anwender immer notwendig sein, die Verbrauchsmaterialien in seiner eigenen Anwendung zu testen. PCR-Assay: Amplifikation von gDNA (Promega) in einer PCR. Nach dem PCR-Assay wurden die Proben mittels Agarose-Gelelektrophorese (E-Gel, Invitrogen) aufgetrennt und dokumentiert.
Kompatibilität und Testleistung wurden anhand des Vorhandenseins und der Qualität von PCR-Produkten auf dem Gel bewertet (Daten nicht gezeigt).
for BioRad i-Serie, Stratagene Mx, ABI 3000 (excl. adapter) |
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A28242L | GeneOn | 5x25 pcs | 303 EUR |
ABI 3000, 7000; BioRad i-Serie, Stratagene Mx, Eppendorf Mastercycler |
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A28239L | GeneOn | 5x25 pcs | 310 EUR |
Stratagene Mx (incl. Perfect Fit Frames from Stratagene), Biorad CFX 96 |
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A28240L | GeneOn | 5x25 pcs | 289 EUR |
Sequencer; ABI 3000, 7000 7900HT; Stratagene Mx4000 and other |
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A20232L | GeneOn | 5x25 pcs | 310 EUR |
Xba I unit: 3000 |
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YRXBA1 | Yeastern Biotech | 1 vial | Ask for price |
Xba I -HC unit: 3000, High Concentration |
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YRXBA1-HC | Yeastern Biotech | 1 vial | Ask for price |
Pepsin 1: 3000 |
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PB0411 | Bio Basic | 100g | 76.99 EUR |
Aminobenzimidazole(ABI) |
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AG247 | Unibiotest | 1 mg | 523 EUR |
Aminobenzimidazole(ABI) |
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AT247 | Unibiotest | 1mg | 1368 EUR |
BioRad CFX96, Megabase 500/1000 |
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A28241L | GeneOn | 5x25 pcs | 303 EUR |
Human Drug Detoxication I |
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HDTX-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Human Kinase Library I |
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HKIN-I | Real Time Primers | 1 set | 450 EUR |
NRicher™ Mx |
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SRPRO-10 | Biotech Support Group | 10 preps | 557 EUR |
NRicher™ Mx |
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SRPRO-50 | Biotech Support Group | 50 preps | 2313 EUR |
Abi 1 Antibody |
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ABF5158 | Lifescience Market | 100 ug | 438 EUR |
Abi 1 Antibody |
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AF5158 | Affbiotech | 200ul | 304 EUR |
Human Cytokine Primer Library I |
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HCA-I | Real Time Primers | 1 set | 450 EUR |
Mouse Cytokine Primer Library I |
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MCA-I | Real Time Primers | 1 set | 450 EUR |
Rat Cytokine Primer Library I |
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RCA-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Human Colon Cancer Primer Library I |
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HCCP-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Human DNA Repair Primer Library I |
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HDRL-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Human Drug Transporter I Primer Library |
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HDTP-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Mouse DNA Repair Primer Library I |
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MDRL-I | Real Time Primers | 1 set | 645 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC040525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC040525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC470525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC470525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCAP0525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCAP0525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCB0525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCB0525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC810525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC810525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC700525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC700525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC880525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC880525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC940525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC940525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC610525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC610525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC680525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC680525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCA0525-250 | Biotium | 250uL | 383 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNUM0525-50 | Biotium | 50uL | 395 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCP0525-250 | Biotium | 250uL | 383 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC050525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC050525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC400525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC400525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCR0525-250 | Biotium | 250uL | 383 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNUB0525-100 | Biotium | 100uL | 209 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNUB0525-500 | Biotium | 500uL | 458 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC430525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC430525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCH0525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNCH0525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC550525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC550525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC800525-100 | Biotium | 100uL | 199 EUR |
CD63(MX-49.129.5) Antibody |
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BNC800525-500 | Biotium | 500uL | 544 EUR |
Chicken MX ELISA KIT |
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ELI-44782c | Lifescience Market | 96 Tests | 928 EUR |
Human Cancer Driver Gene I Primer Library |
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HCDG-I | Real Time Primers | 1 set | 645 EUR |
Human Interferon Type I Signaling Primer Library |
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HIFN-I | Real Time Primers | 1 set | 548 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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ES1575-100ul | ELK Biotech | 100ul | 279 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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ES1575-50ul | ELK Biotech | 50ul | 207 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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ABP50576-003ml | Abbkine | 0.03ml | 158 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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ABP50576-01ml | Abbkine | 0.1ml | 289 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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ABP50576-02ml | Abbkine | 0.2ml | 414 EUR |
Anti-Abi-1 antibody |
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STJ91430 | St John's Laboratory | 200 µl | 197 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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40538-100ul | SAB | 100ul | 252 EUR |
Abi-1 Polyclonal Antibody |
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40538-50ul | SAB | 50ul | 187 EUR |
Abi 1 Blocking Peptide |
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AF5158-BP | Affbiotech | 1mg | 195 EUR |
Abi-1 Polyclonal Conjugated Antibody |
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C40538 | SAB | 100ul | 397 EUR |
Prefilled 2.0ml tubes |
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D1034-MX | Benchmark Scientific | 1 PC | 194.63 EUR |
Microtube Adapter |
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BT1500-A05 | Benchmark Scientific | 1 PC | 2235.65 EUR |
Microtube Adapter |
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BT1500-A1520 | Benchmark Scientific | 1 PC | 127.21 EUR |
Adapter pack |
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C1005-AC2 | Benchmark Scientific | 1 PC | 98.5 EUR |
Tube Adapter |
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C2000-A02 | Benchmark Scientific | 1 PC | 204.56 EUR |
Adapter pack |
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C3100-ADP | Benchmark Scientific | 1 PC | 164.18 EUR |
Pepsin (3000 U/mg), Porcine Stomach Mucosa |
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PEP15-01 | Alpha Diagnostics | 1 g | 141 EUR |
Monoclonal CD63 (Late Endosomes Marker)Mouse Monoclonal Antibody [Clone MX-49.129.5] , Clone: MX-49.129.5 |
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AMM00208G | Leading Biology | 0.5ml | 484 EUR |
AgileGrinder? Tissue Grinder (adjustable speed 3000-8000 rpm) |
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ACT-AG3080 | ACTGene | 819 EUR | |
Superoxide dismutase (3000 U/mg material), Bovine erythrocytes |
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SOD-01 | Alpha Diagnostics | 20 KU | 590 EUR |
0.2ml Adapter pack |
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C1008-A2-6 | Benchmark Scientific | 1 PC | 84.94 EUR |
0.2ml Adapter pack |
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C1008-A2-9 | Benchmark Scientific | 1 PC | 395.96 EUR |
0.5ml Adapter pack |
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C1008-A5-6 | Benchmark Scientific | 1 PC | 80.95 EUR |
0.5ml Adapter pack |
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C1008-A5-8 | Benchmark Scientific | 1 PC | 84.94 EUR |
96 WELL CLEAR PCR PLATE FOR ABI |
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PCR-96-AB-C | CORNING | 10/pk | 167 EUR |
384 Well PCR Plates for ABI 3730 |
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GP618 | GenDepot | 50 plates | 448 EUR |
ABI Gene Family Member 3 (ABI3) Antibody |
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20-abx318426 | Abbexa |
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Mouse Anti-Aminobenzimidazole monoclonal antibody, clone ABI |
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CABT-L4235-100ug | Creative Diagnostics | 100 ug | 533 EUR |
Mouse Anti-Aminobenzimidazole monoclonal antibody, clone ABI |
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CABT-L4235-1mg | Creative Diagnostics | 1 mg | 1313 EUR |
Human Rheumatoid Factors IgM (RF) positive control plasma (>400 IU/ml) |
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3000-PC | Alpha Diagnostics | 1 ml | 103 EUR |
UltraMag Magnetic Separator |
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UMS-3000 | Spherotech | mL | 614 EUR |
Sterile filtered mouse serum, 0.2 micron |
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SM30-3000 | Equitech | 3 L | Ask for price |
Sterile filtered mouse serum, 0.2 micron, heat-inactivated |
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SM32-3000 | Equitech | 3 L | Ask for price |
Sterile filtered mouse serum, 0.2 micron, heat-inactivated, low endotoxin |
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SM3270-3000 | Equitech | 3 L | 6896.5 EUR |
Sterile filtered mouse serum, 0.2 micron, low endotoxin |
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SM70-3000 | Equitech | 3 L | 6879.6 EUR |
PARP Antibody (Clone 10H) |
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3000-100 | Biovision | 370 EUR |
qPCR-Assay: Für die Leistung des qPCR-Assays wurde ein Standardassay mit Lambda-DNA (Promega) und KAPA SYBR Fast qPCR Mastermix (KAPA Biosystems) verwendet. Drei unabhängige qPCR-Assays über sechs Konzentrationsprotokolle der Lambda-DNA-Matrize (101-106) und 3 Wiederholungen für jede Konzentration wurden durchgeführt. Die Kompatibilität wurde basierend auf den folgenden qPCR-Reaktionsparametern bewertet: Ct-Mittelwert, Ct-SD, CV, Schmelzkurvenanalyse (Daten nicht vorgestellt).