BioRad i-Serie, Stratagene Mx, ABI 3000 (exkl. Adapter)

Abstrakt
Eines der wichtigsten Probleme in Bezug auf die Leistung von PCR-Verbrauchsmaterialien (Platten, Streifen und entsprechende Versiegelungsoptionen) ist ihre Kompatibilität mit mehreren auf dem Markt erhältlichen Cycler-Systemen. In dieser Application Note wurden Eppendorf PCR/qPCR Consumables auf Kompatibilität mit den wichtigsten Cycler-Marken durch einen Physical-Fit-Test mit den Cycler-Blöcken sowie durch exemplarische PCR- und qPCR-Assays für einige Instrumente getestet.

Einführung

PCR- und qPCR-Verbrauchsmaterialien unterscheiden sich in zahlreichen Parametern. Darunter spielen Materialeigenschaften und -qualität, Brunnen-/Schürzenabmessungen, Brunnendicke und Oberflächenbeschaffenheit die wichtigste Rolle. Diese Unterschiede führen zusammen mit verschiedenen Versiegelungsoptionen zu oft erheblichen Abweichungen beim Wechsel von einer Verbrauchsartikelmarke zu einer anderen und können die Gesamtleistung des PCR/qPCR-Assays beeinflussen. Daher ist es von großer Bedeutung festzustellen, ob ein bestimmtes Verbrauchsmaterial mit einer bestimmten PCR/qPCR-Plattform kompatibel ist. Hier präsentieren wir Ihnen einen Überblick über die Eppendorf twin.tec PCR Plates, Eppendorf PCR Tube Strips sowie Eppendorf Cap Strips und ihre Kompatibilität mit den wichtigsten derzeit auf dem Markt befindlichen Cycler-Marken.

Materialen und Methoden

Kompatibilität mit Standard-PCR- und qPCR-Geräten In den meisten Fällen wurde die Kompatibilität der Eppendorf PCR Consumables durch ihre Passung in den entsprechenden Cycler-Block in Kombination mit dem Verschluss des Cycler-Deckels bestimmt. Einige Systeme wurden auch auf ihre Leistungsfähigkeit in einem PCR- oder qPCR-Assay getestet.
Natürlich sind diese Experimente nicht repräsentativ. Daher wird es für jeden Anwender immer notwendig sein, die Verbrauchsmaterialien in seiner eigenen Anwendung zu testen. PCR-Assay: Amplifikation von gDNA (Promega) in einer PCR. Nach dem PCR-Assay wurden die Proben mittels Agarose-Gelelektrophorese (E-Gel, Invitrogen) aufgetrennt und dokumentiert.
Kompatibilität und Testleistung wurden anhand des Vorhandenseins und der Qualität von PCR-Produkten auf dem Gel bewertet (Daten nicht gezeigt).

qPCR-Assay: Für die Leistung des qPCR-Assays wurde ein Standardassay mit Lambda-DNA (Promega) und KAPA SYBR Fast qPCR Mastermix (KAPA Biosystems) verwendet. Drei unabhängige qPCR-Assays über sechs Konzentrationsprotokolle der Lambda-DNA-Matrize (101-106) und 3 Wiederholungen für jede Konzentration wurden durchgeführt. Die Kompatibilität wurde basierend auf den folgenden qPCR-Reaktionsparametern bewertet: Ct-Mittelwert, Ct-SD, CV, Schmelzkurvenanalyse (Daten nicht vorgestellt).