MethylFlash methyliertes DNA-Quantifizierungskit (fluorometrisch)

In diesem Blogbeitrag werden wir untersuchen, wie sich methylierte DNA auf den menschlichen Körper auswirkt und wie ein MethylFlash-Kit verwendet werden kann, um die Menge an methylierter DNA in einer Probe zu messen. Das MethylFlash-Kit ist ein benutzerfreundliches Quantifizierungskit, mit dem die Menge an methylierter DNA in einer Probe gemessen werden kann. Das Protokoll ist unten aufgeführt.

Wie funktioniert es?

Methylierte DNA ist ein DNA-Typ, der durch Hinzufügen einer Methylgruppe modifiziert wurde. Diese Modifikation kann die Funktion der DNA verändern und möglicherweise an der Krebsentstehung beteiligt sein. Methylierte DNA kann mit einer Technik namens Bisulfit-Sequenzierung nachgewiesen werden. Bei dieser Technik wird DNA mit einer Chemikalie namens Bisulfit behandelt, die unmethyliertes Cytosin (C) in Uracil (U) umwandelt. Die methylierten Cs werden durch die Bisulfitbehandlung nicht verändert und verbleiben als C.

Um die DNA-Methylierung nachweisen zu können, muss sie durch die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) amplifiziert (kopiert) werden. Diese Technik macht sehr kleine DNA-Mengen nachweisbar. Nach der PCR-Amplifikation wird die DNA der Bisulfitbehandlung unterzogen und mittels Kapillarelektrophorese analysiert. Jeder Peak in einem Kapillarelektrophorese-Ergebnis repräsentiert ein ursprüngliches DNA-Molekül mit einer leicht unterschiedlichen Länge. Proben, die vollständig in Uracil umgewandelt wurden

Warum einen methylierten DNA-Test verwenden?

Methylierte DNA-Tests werden verwendet, um festzustellen, ob eine Person eine bestimmte Genmutation hat oder nicht. Der Test kann verwendet werden, um genetische Störungen, Krebs und andere Erkrankungen zu diagnostizieren. Was ist DNA-Methylierung?

DNA-Methylierung beschreibt die Hinzufügung eines Moleküls namens Methylgruppe an den DNA-Strang. Es kommt natürlicherweise bei Menschen und Tieren vor, insbesondere wenn eine Genmutation vorliegt. Wenn dies geschieht, werden Gene nicht richtig exprimiert und daher „zum Schweigen gebracht“. Das Gen kann normal sein, aber aufgrund von Mutationen in anderen Teilen der Sequenz nicht richtig exprimiert werden. Ein DNA-Methylierungstest bestimmt, ob jemand diese Form der genetischen Mutation hat oder nicht.

Wann werden methylierte DNA-Tests durchgeführt?

Methylierte DNA-Tests werden am häufigsten aus zwei Gründen verwendet: zur Diagnose genetischer Erkrankungen und zur Identifizierung von Krebspatienten, bei denen das Risiko besteht, dass sie nach der Behandlung wieder in Tumore zurückfallen. Genetische Bedingungen, die diagnostiziert werden können

Was sind die Vorteile des Tests auf methylierte DNA?

Methylierte DNA ist ein leistungsfähiges Werkzeug, das Forschern helfen kann, die Rolle der Epigenetik bei Gesundheit und Krankheit zu verstehen. Durch Tests auf methylierte DNA können Forscher Gene identifizieren, die durch epigenetische Veränderungen ein- oder ausgeschaltet werden. Diese Informationen können dann verwendet werden, um neue Behandlungen für Krankheiten zu entwickeln, die durch epigenetische Veränderungen verursacht werden.

So funktioniert das MethylFlash Quantification Kit (vollständiger Satz optimierter Puffer und Reagenzien zur fluorometrischen Quantifizierung globaler DNA)

Das MethylFlash-Quantifizierungskit ist ein vollständiger Satz optimierter Puffer und Reagenzien zur fluorometrischen Quantifizierung globaler DNA. Das Kit verwendet eine proprietäre Methode, um nur methylierte DNA selektiv anzuvisieren und zu quantifizieren. Dies stellt sicher, dass die Ergebnisse genau und präzise sind. Darüber hinaus kann die Amplifikation der DNA durch PCR vermieden werden, da nur der methylierte Anteil quantifiziert wird. Das MethylFlash Quantification Kit ist ideal für die globale DNA-Quantifizierung und/oder zur Bestimmung von Änderungen der globalen DNA-Methylierung während einer bestimmten Behandlung oder eines Krankheitsverlaufs. Es kann auch zur Untersuchung einer Vielzahl von Krankheiten im Zusammenhang mit DNA-Methylierung verwendet werden, darunter Krebs und neurodegenerative Erkrankungen (siehe Abbildung „Verwendung des MethylFlash-Quantifizierungskits“). Detailliertes Protokoll von Promega Corp.

Instrumentierung, Probenmaterial und Zeitbedarf (Anforderung für kleinvolumige Proben)

„Finding methylated DNA“ ist eine detaillierte Anleitung zum Auffinden und Identifizieren methylierter DNA mit einer Vielzahl unterschiedlicher Methoden und Techniken. Der Blog-Bereich bietet zusätzliche Informationen über die Art der Instrumentierung, das Probenmaterial und den Zeitbedarf, der benötigt wird, um diesen Prozess erfolgreich durchzuführen.

In Bezug auf die Instrumentierung benötigen diejenigen, die methylierte DNA finden möchten, Zugang zu einem hochwertigen UV-Vis-Spektrophotometer und einem PCR-Gerät. Was das Probenmaterial betrifft, so wird empfohlen, Proben mit kleinem Volumen zu verwenden, um potenzielle Fehler zu vermeiden, die bei größeren Proben auftreten könnten. Schließlich variiert die für die Durchführung dieses Vorgangs erforderliche Zeit je nach verwendeter Methode, aber im Allgemeinen sollte es von Anfang bis Ende nicht mehr als ein paar Stunden dauern.

Methodik oder Protokoll

Methylierte DNA kann mit einer Reihe verschiedener Methoden und Protokolle gefunden werden. Die gebräuchlichste Methode ist die Bisulfit-Umwandlung, bei der DNA mit Bisulfit behandelt wird, um alle unmethylierten Cytosine in Uracile umzuwandeln. Darauf können eine PCR-Amplifikation und Sequenzierung oder ein Restriktionsenzymverdau und Southern-Blotting folgen. Andere Verfahren umfassen Nick-Translation, Immunpräzipitation und direkte Sequenzierung von methylierter DNA.

Assay-Parameter

Methylierte DNA kann schwierig zu detektieren und zu quantifizieren sein. Der beste Ansatz hängt von der Anwendung ab, aber es gibt ein paar Schlüsselparameter zu beachten:

-Extraktionsmethode: Dies ist entscheidend, um gute Ausbeuten an methylierter DNA zu erhalten. Methoden, die für genomische DNA gut funktionieren, sind möglicherweise nicht so effektiv für die Extraktion methylierter DNA.

-Quantifizierungsmethode: Es gibt mehrere Möglichkeiten, methylierte DNA zu quantifizieren, einschließlich PCR, qPCR und Sequenzierung der nächsten Generation. Jedes hat seine eigenen Vor- und Nachteile.

-Assay-Empfindlichkeit: Dies ist bei der Auswahl einer Quantifizierungsmethode zu berücksichtigen. Einige Methoden sind empfindlicher als andere, daher ist es wichtig, eine Methode zu wählen, die Ihnen das erforderliche Maß an Empfindlichkeit bietet.

Interpretation der Ergebnisse

Nachdem Sie Ihre Bisulfit-Umwandlung und -Sequenzierung abgeschlossen haben, ist es an der Zeit, Ihre Ergebnisse zu analysieren, um festzustellen, ob Sie methylierte DNA gefunden haben. Dazu müssen Sie Ihre Bisulfit-konvertierten Reads an einem Referenzgenom ausrichten. Sobald Sie Ihre Reads ausgerichtet haben, können Sie eine Vielzahl von Methoden verwenden, um Methylierung zu nennen.

Eine beliebte Methode, um Methylierung zu nennen, ist MethylDackel. MethylDackel verwendet ein Hidden-Markov-Modell, um den Methylierungsstatus jeder CpG-Site vorherzusagen. MethylDackel kann mit einer einzelnen Probe oder mit mehreren Proben gleichzeitig durchgeführt werden.

Eine weitere beliebte Methode zum Callen von Methylierung ist MethylSig. MethylSig verwendet eine Support-Vektor-Maschine, um den Methylierungsstatus jeder CpG-Stelle vorherzusagen. MethylSig kann auch mit einer einzelnen Probe oder mit mehreren Proben gleichzeitig ausgeführt werden.

Sobald Sie die Methylierung mit einer dieser Methoden aufgerufen haben, müssen Sie Ihre Ergebnisse interpretieren. Als Erstes sollten Sie sich den Gesamtmethylierungsgrad Ihrer Probe (oder Proben) ansehen. Sie können dies berechnen, indem Sie sich den Prozentsatz der CpG-Stellen ansehen, die methyliert sind

MethylFlash Methylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 

P-1035 EpiGentek
  • 1084.86 EUR
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MethylFlash Hydroxymethylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 

P-1037 EpiGentek
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MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Fluorometric) 

P-1040 EpiGentek
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MethylFlash Methylated DNA 5-mC Quantification Kit (Colorimetric)

P-1034 EpiGentek
  • 1050.06 EUR
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EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit (Fluorometric)

P-9008 EpiGentek
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SuperSense Methylated DNA Quantification Kit

P-1021 EpiGentek
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MethylFlash 5-Formylcytosine (5-fC) DNA Quantification Kit (Colorimetric) 

P-1041 EpiGentek
  • 1137.06 EUR
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  • 760.10 EUR
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MethylFlash Hydroxymethylated DNA 5-hmC Quantification Kit (Colorimetric)

P-1036 EpiGentek
  • 1084.86 EUR
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MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Colorimetric) 

P-1039 EpiGentek
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DNA Quantification Assay Kit (Fluorometric)

K539-200 Biovision each 314.4 EUR

DNA Quantification Assay Kit (Fluorometric)

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MethylFlash Urine N6-methyladenosine (m6A) Quantification Kit (Colorimetric)

P-9015 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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Lipid Quantification Kit (Fluorometric)

STA-617 Cell Biolabs 100 assays 637.2 EUR

MethylFlash 5-mC RNA Methylation ELISA Easy Kit (Fluorometric)

P-9009 EpiGentek
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Serum Triglyceride Quantification Kit (Fluorometric)

STA-397 Cell Biolabs 100 assays 706.8 EUR

EpiQuik 8-OHdG DNA Damage Quantification Direct Kit (Fluorometric) 

P-6004 EpiGentek
  • 1241.46 EUR
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EpiQuik Total Histone H3 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3063 EpiGentek
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EpiQuik Total Histone H4 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3073 EpiGentek
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Triglyceride Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K622-100 Biovision each 744 EUR

Triglyceride Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K2127-100 ApexBio 100 assays 718.8 EUR

EpiQuik Global Acetyl Histone H4K8 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4025 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K9 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4011 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K5 Quantification Kit (Fluorometric)

P-4023 EpiGentek
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Free Fatty Acid Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K612-100 Biovision each 732 EUR

Free Fatty Acid Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K2121-100 ApexBio 100 assays 736.8 EUR

EpiQuik Global Acetyl Histone H3K14 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4013 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K18 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4015 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 360.80 EUR
  • 625.90 EUR
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K23 Quantification Kit (Fluorometric)

P-4017 EpiGentek 96 Assays 945.66 EUR

EpiQuik Global Acetyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4019 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K56 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4021 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K16 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4027 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K12 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-4029 EpiGentek
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HDL and LDL/VLDL Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K613-100 Biovision each 783.6 EUR

HDL and LDL/VLDL Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K2122-100 ApexBio 100 assays 835.2 EUR

RNase Activity Detection/Quantification Assay Kit (Fluorometric)

K934-100 Biovision each 574.8 EUR

EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3023 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3033 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
  • 625.90 EUR
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EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3025 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3027 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3029 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3031 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3035 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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  • 625.90 EUR
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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3037 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K27 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3041 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K27 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3043 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K27 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3045 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3049 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3051 EpiGentek
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  • 625.90 EUR
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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3053 EpiGentek
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K79 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3057 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K79 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3059 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K79 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3061 EpiGentek
  • 945.66 EUR
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H4K20 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3067 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 347.60 EUR
  • 625.90 EUR
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H4K20 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3069 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 347.60 EUR
  • 625.90 EUR
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  • 96 Assays

EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H4K20 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3071 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 625.90 EUR
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Choline/Acetylcholine Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K615-100 Biovision each 673.2 EUR

Choline/Acetylcholine Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

K2123-100 ApexBio 100 assays 703.2 EUR

EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K27 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3039 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
  • 625.90 EUR
  • 96 Assays
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EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3047 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
  • 625.90 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K79 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3055 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 333.30 EUR
  • 625.90 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H4K20 Quantification Kit (Fluorometric) 

P-3065 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 347.60 EUR
  • 625.90 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

Methylamp Global DNA Methylation Quantification Ultra Kit 

P-1014B EpiGentek
  • 1137.06 EUR
  • 429.00 EUR
  • 760.10 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit (Colorimetric)  

P-9005 EpiGentek
  • 945.66 EUR
  • 387.20 EUR
  • 639.10 EUR
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  • 48 Assays
  • 96 Assays

DNA Damage Quantification Kit

55R-1345 Fitzgerald 25 assays 1012.8 EUR

MethylFlash Global DNA Methylation (5-mC) ELISA Easy Kit (Colorimetric)

P-1030 EpiGentek
  • 1032.66 EUR
  • 371.80 EUR
  • 673.20 EUR
  • 96 reactions
  • 48 reactions
  • 96 reactions

FitAmp General DNA Quantification Kit 

P-1020 EpiGentek
  • 361.02 EUR
  • 126.50 EUR
  • 213.40 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays 

FitAmp Circulating DNA Quantification Kit 

P-1012 EpiGentek
  • 595.92 EUR
  • 217.80 EUR
  • 387.20 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays 

Broad Range DNA Quantification Kit, 100 assays

NS1020-BR-100 Benchmark Scientific 1 each 131.3 EUR

High Sensitivity DNA Quantification Kit, 100 assays

NS1020-HS-100 Benchmark Scientific 1 each 131.3 EUR

DNA Damage Quantification Colorimetric Kit

K253-25 Biovision each 732 EUR

DNA Damage Quantification Colorimetric Kit

K2100-25 ApexBio 25 assays 752.4 EUR

mCherry Quantification Kit

K971-100 Biovision each 477.6 EUR

HDL/LDL Quantification Kit

55R-1456 Fitzgerald 100 assays 1094.4 EUR

Library Quantification DNA Standards (S1-S6)

20-abx098897 Abbexa
  • 744.00 EUR
  • 744.00 EUR
  • 744.00 EUR
  • 744.00 EUR
  • 25%, 120 ul
  • 37.5%, 120 ul
  • 50%, 120 ul
  • 62.5%, 120 ul

VAHTS Library Quantification Kit for IIIumina (DNA Standards)

NQ105 Vazyme 8 rxn 432 EUR

MycoLightâ„¢ Fluorimetric CTC Live Bacteria Quantification Kit

22405-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 334 EUR

Triglyceride Quantification Kit

55R-1464 Fitzgerald 100 assays 1032 EUR

BCA Protein Quantification Kit

E112-01 Vazyme 250 rxn 158.4 EUR

BCA Protein Quantification Kit

E112-02 Vazyme 500 rxn 182.4 EUR

MycoLight™ Fluorimetric CTC Live Bacteria Quantification Kit

22405 AAT Bioquest 100 Tests 334 EUR

Acetylcholine Quantification Kit

55R-1457 Fitzgerald 100 assays 928.8 EUR

Pico488 dsDNA quantification kit, 200

B1102 Lumiprobe 200 assays 382.8 EUR

Pico488 dsDNA quantification kit, 200

1102-200 Lumiprobe 200 assays 348 EUR

Lentivirus qPCR Quantification Kit

K1471-100 Biovision 100 Rxns 357.6 EUR

Retrovirus qPCR Quantification Kit

K1472-100 Biovision 100 Rxns 381.6 EUR

Free Fatty Acid Quantification Kit

55R-1455 Fitzgerald 100 assays 1012.8 EUR

Bradford Protein Quantification Kit

E111-01 Vazyme 500 rxn 158.4 EUR

Bradford Protein Quantification Kit

E111-02 Vazyme 1000 rxn 188.4 EUR

EpiQuik DNA Methyltransferase (DNMT) Activity/Inhibition Assay Kit (Fluorometric) 

P-3004 EpiGentek
  • 1067.46 EUR
  • 429.00 EUR
  • 710.60 EUR
  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

Protein Quantification Kit (BCA Assay)

KTD3001-2500T Abbkine 2500T 169 EUR

Protein Quantification Kit (BCA Assay)

KTD3001-500T Abbkine 500 T 69 EUR

PicoProbeTM Methylglyoxal Assay Kit (Fluorometric)

K461-100 Biovision each 666 EUR

Amplite® Fluorimetric Peroxynitrite Quantification Kit *Green Fluorescence*

16316 AAT Bioquest 100 Tests 390 EUR

Amplite® Fluorimetric Peroxynitrite Quantification Kit *Green Fluorescence*

16316-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 390 EUR

Methyltransferase Activity Assay Kit (Fluorometric)

K521-100 Biovision each 679.2 EUR

Library Quantification Kit for Illumina

20-abx098895 Abbexa
  • 410.40 EUR
  • 1011.60 EUR
  • 1 ml
  • 5 ml

Mouse IgG Quantification ELISA Kit

K4161-100 Biovision each 373.2 EUR

Cell Meterâ„¢ Colorimetric WST-8 Cell Quantification Kit

22770-1000Tests AAT Bioquest 1000 Tests 222 EUR

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22771-5000Tests AAT Bioquest 5000 Tests 558 EUR

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Fazit

Es gibt viele Möglichkeiten, methylierte DNA zu finden, aber das Wichtigste ist, eine Methode zu verwenden, die für Ihre Forschungsziele spezifisch ist. Wenn Sie bestimmte methylierte Gene identifizieren müssen, ist die Verwendung einer PCR-basierten Methode möglicherweise am besten. Wenn Sie an globalen Mustern der DNA-Methylierung interessiert sind, ist die Bisulfit-Sequenzierung möglicherweise die bessere Option. 

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