MethylFlash methyliertes DNA-Quantifizierungskit (fluorometrisch)

In diesem Blogbeitrag werden wir untersuchen, wie sich methylierte DNA auf den menschlichen Körper auswirkt und wie ein MethylFlash-Kit verwendet werden kann, um die Menge an methylierter DNA in einer Probe zu messen. Das MethylFlash-Kit ist ein benutzerfreundliches Quantifizierungskit, mit dem die Menge an methylierter DNA in einer Probe gemessen werden kann. Das Protokoll ist unten aufgeführt.

Wie funktioniert es?

Methylierte DNA ist ein DNA-Typ, der durch Hinzufügen einer Methylgruppe modifiziert wurde. Diese Modifikation kann die Funktion der DNA verändern und möglicherweise an der Krebsentstehung beteiligt sein. Methylierte DNA kann mit einer Technik namens Bisulfit-Sequenzierung nachgewiesen werden. Bei dieser Technik wird DNA mit einer Chemikalie namens Bisulfit behandelt, die unmethyliertes Cytosin (C) in Uracil (U) umwandelt. Die methylierten Cs werden durch die Bisulfitbehandlung nicht verändert und verbleiben als C.

Um die DNA-Methylierung nachweisen zu können, muss sie durch die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) amplifiziert (kopiert) werden. Diese Technik macht sehr kleine DNA-Mengen nachweisbar. Nach der PCR-Amplifikation wird die DNA der Bisulfitbehandlung unterzogen und mittels Kapillarelektrophorese analysiert. Jeder Peak in einem Kapillarelektrophorese-Ergebnis repräsentiert ein ursprüngliches DNA-Molekül mit einer leicht unterschiedlichen Länge. Proben, die vollständig in Uracil umgewandelt wurden

Warum einen methylierten DNA-Test verwenden?

Methylierte DNA-Tests werden verwendet, um festzustellen, ob eine Person eine bestimmte Genmutation hat oder nicht. Der Test kann verwendet werden, um genetische Störungen, Krebs und andere Erkrankungen zu diagnostizieren. Was ist DNA-Methylierung?

DNA-Methylierung beschreibt die Hinzufügung eines Moleküls namens Methylgruppe an den DNA-Strang. Es kommt natürlicherweise bei Menschen und Tieren vor, insbesondere wenn eine Genmutation vorliegt. Wenn dies geschieht, werden Gene nicht richtig exprimiert und daher „zum Schweigen gebracht“. Das Gen kann normal sein, aber aufgrund von Mutationen in anderen Teilen der Sequenz nicht richtig exprimiert werden. Ein DNA-Methylierungstest bestimmt, ob jemand diese Form der genetischen Mutation hat oder nicht.

Wann werden methylierte DNA-Tests durchgeführt?

Methylierte DNA-Tests werden am häufigsten aus zwei Gründen verwendet: zur Diagnose genetischer Erkrankungen und zur Identifizierung von Krebspatienten, bei denen das Risiko besteht, dass sie nach der Behandlung wieder in Tumore zurückfallen. Genetische Bedingungen, die diagnostiziert werden können

Was sind die Vorteile des Tests auf methylierte DNA?

Methylierte DNA ist ein leistungsfähiges Werkzeug, das Forschern helfen kann, die Rolle der Epigenetik bei Gesundheit und Krankheit zu verstehen. Durch Tests auf methylierte DNA können Forscher Gene identifizieren, die durch epigenetische Veränderungen ein- oder ausgeschaltet werden. Diese Informationen können dann verwendet werden, um neue Behandlungen für Krankheiten zu entwickeln, die durch epigenetische Veränderungen verursacht werden.

So funktioniert das MethylFlash Quantification Kit (vollständiger Satz optimierter Puffer und Reagenzien zur fluorometrischen Quantifizierung globaler DNA)

Das MethylFlash-Quantifizierungskit ist ein vollständiger Satz optimierter Puffer und Reagenzien zur fluorometrischen Quantifizierung globaler DNA. Das Kit verwendet eine proprietäre Methode, um nur methylierte DNA selektiv anzuvisieren und zu quantifizieren. Dies stellt sicher, dass die Ergebnisse genau und präzise sind. Darüber hinaus kann die Amplifikation der DNA durch PCR vermieden werden, da nur der methylierte Anteil quantifiziert wird. Das MethylFlash Quantification Kit ist ideal für die globale DNA-Quantifizierung und/oder zur Bestimmung von Änderungen der globalen DNA-Methylierung während einer bestimmten Behandlung oder eines Krankheitsverlaufs. Es kann auch zur Untersuchung einer Vielzahl von Krankheiten im Zusammenhang mit DNA-Methylierung verwendet werden, darunter Krebs und neurodegenerative Erkrankungen (siehe Abbildung „Verwendung des MethylFlash-Quantifizierungskits“). Detailliertes Protokoll von Promega Corp.

Instrumentierung, Probenmaterial und Zeitbedarf (Anforderung für kleinvolumige Proben)

„Finding methylated DNA“ ist eine detaillierte Anleitung zum Auffinden und Identifizieren methylierter DNA mit einer Vielzahl unterschiedlicher Methoden und Techniken. Der Blog-Bereich bietet zusätzliche Informationen über die Art der Instrumentierung, das Probenmaterial und den Zeitbedarf, der benötigt wird, um diesen Prozess erfolgreich durchzuführen.

In Bezug auf die Instrumentierung benötigen diejenigen, die methylierte DNA finden möchten, Zugang zu einem hochwertigen UV-Vis-Spektrophotometer und einem PCR-Gerät. Was das Probenmaterial betrifft, so wird empfohlen, Proben mit kleinem Volumen zu verwenden, um potenzielle Fehler zu vermeiden, die bei größeren Proben auftreten könnten. Schließlich variiert die für die Durchführung dieses Vorgangs erforderliche Zeit je nach verwendeter Methode, aber im Allgemeinen sollte es von Anfang bis Ende nicht mehr als ein paar Stunden dauern.

Methodik oder Protokoll

Methylierte DNA kann mit einer Reihe verschiedener Methoden und Protokolle gefunden werden. Die gebräuchlichste Methode ist die Bisulfit-Umwandlung, bei der DNA mit Bisulfit behandelt wird, um alle unmethylierten Cytosine in Uracile umzuwandeln. Darauf können eine PCR-Amplifikation und Sequenzierung oder ein Restriktionsenzymverdau und Southern-Blotting folgen. Andere Verfahren umfassen Nick-Translation, Immunpräzipitation und direkte Sequenzierung von methylierter DNA.

Assay-Parameter

Methylierte DNA kann schwierig zu detektieren und zu quantifizieren sein. Der beste Ansatz hängt von der Anwendung ab, aber es gibt ein paar Schlüsselparameter zu beachten:

-Extraktionsmethode: Dies ist entscheidend, um gute Ausbeuten an methylierter DNA zu erhalten. Methoden, die für genomische DNA gut funktionieren, sind möglicherweise nicht so effektiv für die Extraktion methylierter DNA.

-Quantifizierungsmethode: Es gibt mehrere Möglichkeiten, methylierte DNA zu quantifizieren, einschließlich PCR, qPCR und Sequenzierung der nächsten Generation. Jedes hat seine eigenen Vor- und Nachteile.

-Assay-Empfindlichkeit: Dies ist bei der Auswahl einer Quantifizierungsmethode zu berücksichtigen. Einige Methoden sind empfindlicher als andere, daher ist es wichtig, eine Methode zu wählen, die Ihnen das erforderliche Maß an Empfindlichkeit bietet.

Interpretation der Ergebnisse

Nachdem Sie Ihre Bisulfit-Umwandlung und -Sequenzierung abgeschlossen haben, ist es an der Zeit, Ihre Ergebnisse zu analysieren, um festzustellen, ob Sie methylierte DNA gefunden haben. Dazu müssen Sie Ihre Bisulfit-konvertierten Reads an einem Referenzgenom ausrichten. Sobald Sie Ihre Reads ausgerichtet haben, können Sie eine Vielzahl von Methoden verwenden, um Methylierung zu nennen.

Eine beliebte Methode, um Methylierung zu nennen, ist MethylDackel. MethylDackel verwendet ein Hidden-Markov-Modell, um den Methylierungsstatus jeder CpG-Site vorherzusagen. MethylDackel kann mit einer einzelnen Probe oder mit mehreren Proben gleichzeitig durchgeführt werden.

Eine weitere beliebte Methode zum Callen von Methylierung ist MethylSig. MethylSig verwendet eine Support-Vektor-Maschine, um den Methylierungsstatus jeder CpG-Stelle vorherzusagen. MethylSig kann auch mit einer einzelnen Probe oder mit mehreren Proben gleichzeitig ausgeführt werden.

Sobald Sie die Methylierung mit einer dieser Methoden aufgerufen haben, müssen Sie Ihre Ergebnisse interpretieren. Als Erstes sollten Sie sich den Gesamtmethylierungsgrad Ihrer Probe (oder Proben) ansehen. Sie können dies berechnen, indem Sie sich den Prozentsatz der CpG-Stellen ansehen, die methyliert sind

MethylFlash Methylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 

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MethylFlash Hydroxymethylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 

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MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Fluorometric) 

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MethylFlash Methylated DNA 5-mC Quantification Kit (Colorimetric)

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SuperSense Methylated DNA Quantification Kit

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MethylFlash 5-Formylcytosine (5-fC) DNA Quantification Kit (Colorimetric) 

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MethylFlash Hydroxymethylated DNA 5-hmC Quantification Kit (Colorimetric)

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DNA Quantification Assay Kit (Fluorometric)

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MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Colorimetric) 

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MethylFlash Urine N6-methyladenosine (m6A) Quantification Kit (Colorimetric)

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MethylFlash 5-mC RNA Methylation ELISA Easy Kit (Fluorometric)

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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K5 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K8 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K14 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K18 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K23 Quantification Kit (Fluorometric)

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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K36 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K56 Quantification Kit (Fluorometric) 

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Free Fatty Acid Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

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RNase Activity Detection/Quantification Assay Kit (Fluorometric)

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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

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Choline/Acetylcholine Quantification Colorimetric/Fluorometric Kit

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EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Fluorometric) 

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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K79 Quantification Kit (Fluorometric) 

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Methylamp Global DNA Methylation Quantification Ultra Kit 

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EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit (Colorimetric)  

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DNA Quantification Kit

KT-045 Kamiya Biomedical Company 1 kit 794 EUR

DNA Damage Quantification Kit

55R-1345 Fitzgerald 25 assays 660 EUR

DNA Damage Quantification Kit

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FitAmp General DNA Quantification Kit 

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FitAmp Circulating DNA Quantification Kit 

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Broad Range DNA Quantification Kit, 100 assays

NS1020-BR-100 Benchmark Scientific 1 each 133.93 EUR

High Sensitivity DNA Quantification Kit, 100 assays

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DNA Damage Quantification Colorimetric Kit

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DNA Damage Quantification Colorimetric Kit

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MethylFlash Global DNA Methylation (5-mC) ELISA Easy Kit (Colorimetric)

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Porteliteâ„¢ Fluorimetric Sodium Ion Quantification Kit

21327 AAT Bioquest 100Tests 505 EUR

Porteliteâ„¢ Fluorimetric Lithium Ion Quantification Kit

21353 AAT Bioquest 100Tests 505 EUR

Amplite® Fluorimetric Lithium Ion Quantification Kit

21351 AAT Bioquest 100Tests 505 EUR

mCherry Quantification Kit

K971-100 Biovision each 477.6 EUR

Human genomic DNA quantification kit with Double Dye probe

Z-gDNA-hu-q-DD Novacyt Group 150 tests 301 EUR

HDL/LDL Quantification Kit

55R-1456 Fitzgerald 100 assays 727 EUR

MycoLightâ„¢ Fluorimetric CTC Live Bacteria Quantification Kit

22405-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 334 EUR

GSSG/GSH Quantification Kit

KT-768 Kamiya Biomedical Company 200 tests 854 EUR

Library Quantification DNA Standards (S1-S6)

20-abx098897 Abbexa
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Triglyceride Quantification Kit

55R-1464 Fitzgerald 100 assays 700 EUR

Triglyceride Quantification Kit

GWB-AXR292 GenWay Biotech 100 assays Ask for price

BCA Protein Quantification Kit

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BCA Protein Quantification Kit

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Pico488 dsDNA quantification kit, 200

1102-200 Lumiprobe 200 assays 348 EUR

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B1102 Lumiprobe 200 assays 382.8 EUR

Lentivirus qPCR Quantification Kit

K1471-100 Biovision 100 Rxns 357.6 EUR

Retrovirus qPCR Quantification Kit

K1472-100 Biovision 100 Rxns 381.6 EUR

Amplite® Fluorimetric Peroxynitrite Quantification Kit *Green Fluorescence*

16316 AAT Bioquest 100 Tests 398 EUR

Amplite® Fluorimetric Peroxynitrite Quantification Kit *Green Fluorescence*

16316-100Tests AAT Bioquest 100 Tests 390 EUR

Free Fatty Acid Quantification Kit

55R-1455 Fitzgerald 100 assays 687 EUR

Free Fatty Acid Quantification Kit

GWB-AXR283 GenWay Biotech 100 assays Ask for price

Bradford Protein Quantification Kit

E111-01 Vazyme 500 rxn 158.4 EUR

Bradford Protein Quantification Kit

E111-02 Vazyme 1000 rxn 188.4 EUR

Total Glutathione Quantification Kit

KT-767 Kamiya Biomedical Company 100 tests 532 EUR

HDL and LDL/VLDL Quantification Kit

GWB-AXR284 GenWay Biotech 100 assays Ask for price

Protein Quantification Kit (BCA Assay)

KTD3001-2500T Abbkine 2500T 169 EUR

Protein Quantification Kit (BCA Assay)

KTD3001-500T Abbkine 500 T 69 EUR

Choline/Acetylcholine Quantification Kit

GWB-AXR285 GenWay Biotech 100 assays Ask for price

Library Quantification Kit for Illumina

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Mouse IgG Quantification ELISA Kit

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Cell Meterâ„¢ Colorimetric WST-8 Cell Quantification Kit

22770-1000Tests AAT Bioquest 1000 Tests 222 EUR

Cell Meterâ„¢ Colorimetric WST-8 Cell Quantification Kit

22771-5000Tests AAT Bioquest 5000 Tests 558 EUR

Protein Quantification Kit (Bradford Assay)

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Protein Quantification Kit (Bradford Assay)

KTD3002-5000T Abbkine 5000 T 149 EUR

Protein Quantification Kit (Bradford Assay)

KTD3002-500T Abbkine 500 T 39 EUR

QuantiSir Specific Gene Knockdown Quantification Kit For DNA Damage/Repair - XRCC4

P-5003 EpiGentek 96 Assays 945.66 EUR

EpiQuik 8-OHdG DNA Damage Quantification Direct Kit (Colorimetric) 

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Amplite® Total Sulfide Quantification Kit

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QuantiSir General Gene Knockdown Quantification Kit

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VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

NQ101 Vazyme 500 rxn 349.2 EUR

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

NQ101-NQ104 Vazyme 500 rxns 175 EUR

NGS Library Quantification Hi-ROX Kit

abx461032-1096tests Abbexa 10 × 96 tests Ask for price

NGS Library Quantification Hi-ROX Kit

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NGS Library Quantification Hi-ROX Kit

abx461032-96tests Abbexa 96 tests 1750 EUR

NGS Library Quantification Lo-ROX Kit

abx461033-1096tests Abbexa 10 × 96 tests Ask for price

NGS Library Quantification Lo-ROX Kit

abx461033-596tests Abbexa 5 × 96 tests Ask for price

NGS Library Quantification Lo-ROX Kit

abx461033-96tests Abbexa 96 tests 1400 EUR

Apoptosis & Necrosis Quantification Kit (50 assays)

30017-1 Biotium KT 224 EUR

Mutation Quantification Control Plasma with 50 ng spike in DNA

Z2010003 Biochain 5 ml 194 EUR

Mutation Quantification Control Plasma with 250 ng spike in DNA

Z2010004 Biochain 25 ml 648 EUR

Adeno-Associated Virus qPCR Quantification Kit

K1473-100 Biovision 100 Rxns 417.6 EUR

Serum Triglyceride Quantification Kit (Colorimetric)

STA-396 Cell Biolabs 100 assays 515 EUR

Super-Rapid Protein Quantification Kit (BCA Assay)

KTD3010-EN-500T Abbkine 500 T 89 EUR

EpiQuik Nitrosative (8-Nitroguanine) DNA/RNA Damage Quantification Kit (Colorimetric)

P-6009 EpiGentek 48 Assays 733 EUR

QuickQuant™ Mouse IgG Quantification Kit, 30 tests

QQNT-030 BioAssayWorks 30 tests 460.5 EUR

EpiQuik DNA Methyltransferase (DNMT) Activity/Inhibition Assay Kit (Fluorometric) 

P-3004 EpiGentek
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Library Quantification qPCR SuperMix

20-abx098896 Abbexa
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Library Quantification qPCR SuperMix

abx098896-100l Abbexa 100 µl 700 EUR

Library Quantification qPCR SuperMix

abx098896-200l Abbexa 200 µl 962.5 EUR

QuDye Protein Quantification kit (optimized for Qubit), 100

15102 Lumiprobe 100 assays 88.8 EUR

Detergent Compatible Bradford Protein Quantification Kit

E211-01 Vazyme 500 rxn 213.6 EUR

PicoProbeTM Methylglyoxal Assay Kit (Fluorometric)

K461-100 Biovision each 666 EUR

EpiQuik Total Histone H3 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3062 EpiGentek
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EpiQuik Total Histone H4 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3072 EpiGentek
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VAHTS Library Quantification Kit for Illumina (Without ROX)

NQ102 Vazyme 500 rxn 349.2 EUR

ExoQualiTM Total Exosome Capture & Quantification Kit (Serum)

CEIK-107L-96wells Creative Bioarray 96 wells Ask for price

ExoQualiTM Total Exosome Capture & Quantification Kit (Urine)

CEIK-110L-96wells Creative Bioarray 96 wells Ask for price

Methyltransferase Activity Assay Kit (Fluorometric)

K521-100 Biovision each 679.2 EUR

Sphingomyelin Quantification Colorimetric Assay Kit

K600-100 Biovision each 574.8 EUR

ExoQualiTM Total Exosome Capture & Quantification Kit (Plasma)

CEIK-108L-96wells Creative Bioarray 96 wells Ask for price

EZ‐PRRSV MPX 4.0 Quantification Standards

TC-9062-001 Tetracore each 60 EUR

Human Y chromosome quantification kit with Double Dye probe

Z-yDNA-hu-q-DD Novacyt Group 150 tests 301 EUR

HiPer® Relative Quantification Teaching

HTBM039-10PR EWC Diagnostics 1 unit 80.9 EUR

HiPer® Absolute Quantification Teaching

HTBM040-10PR EWC Diagnostics 1 unit 47.8 EUR

Apoptotic, Necrotic & Healthy Cells Quantification Kit (50 assays)

30018-1 Biotium KT 242 EUR

Hi-PCR® E. coli O157:H7 Quantification P

MBPCR198-50R EWC Diagnostics 1 unit 686.64 EUR

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina (Low ROX Premixed)

NQ103 Vazyme 500 rxn 349.2 EUR

Hi-PCR® Salmonella Quantification Probe

MBPCR196-50R EWC Diagnostics 1 unit 686.64 EUR

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina (High ROX Premixed)

NQ104 Vazyme 500 rxn 349.2 EUR

EpiQuik Global Acetyl Histone H3K9 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4010 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K5 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4022 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K8 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4024 EpiGentek
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EpiQuik Circulating Total Histone H3 Quantification Kit (Colorimetric)

P-3091 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K14 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4012 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K18 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4014 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K23 Quantification Kit (Colorimetric)

P-4016 EpiGentek 96 Assays 945.66 EUR

EpiQuik Global Acetyl Histone H3K36 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4018 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K56 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4020 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K16 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4026 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H4K12 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4028 EpiGentek
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EpiQuik Global Acetyl Histone H3K27 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-4059 EpiGentek
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ExoQualiTM Total Exosome Capture & Quantification Kit (Cell Supernatant)

CEIK-109L-96wells Creative Bioarray 96 wells Ask for price

Human Telomere Length Quantification qPCR Assay Kit(Relative)

EQ022 ELK Biotech 100rxns 375 EUR

Mouse Telomere Length Quantification qPCR Assay Kit(Relative)

EQ028 ELK Biotech 100rxns 375 EUR

EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3022 EpiGentek
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3032 EpiGentek
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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H4R3 Quantification Kit (Colorimetric) 

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EpiQuik Global Di-Methyl Histone H3R8 Quantification Kit (Colorimetric)

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QuantiSir Specific Gene Knockdown Quantification Kit For Cell Cycle Regulation - TS

P-5005 EpiGentek 96 Assays 945.66 EUR

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P-5008 EpiGentek 96 Assays 945.66 EUR

EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3024 EpiGentek
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Colorimetric) 

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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K4 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3028 EpiGentek
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EpiQuik Global Mono-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3030 EpiGentek
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EpiQuik Global Tri-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Colorimetric) 

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EpiQuik Global Pan-Methyl Histone H3K9 Quantification Kit (Colorimetric) 

P-3036 EpiGentek
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Fazit

Es gibt viele Möglichkeiten, methylierte DNA zu finden, aber das Wichtigste ist, eine Methode zu verwenden, die für Ihre Forschungsziele spezifisch ist. Wenn Sie bestimmte methylierte Gene identifizieren müssen, ist die Verwendung einer PCR-basierten Methode möglicherweise am besten. Wenn Sie an globalen Mustern der DNA-Methylierung interessiert sind, ist die Bisulfit-Sequenzierung möglicherweise die bessere Option. 

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